本系自民國81年8月創立以來，歷經學制演變與組織整併，逐步發展為涵蓋企業管理、行銷企劃與創新創業等領域之整合型專業系所，民國81年設立企業管理科，招收五專學制學生，奠定本系管理專業發展基礎。民國89年升格為技術學院後，正式設立企業管理系，初期招收日間部二技學制、進修部二專與二技學制，涵蓋學歷補強與在職進修功能，逐步建構中階管理人才培育體系。92學年度起，配合國家技職教育升學體系之銜接調整與學制合理化政策，本系停止五專學制招生，並同步增設四技日間部，以強化四年制完整學習架構，培育具備專業知識與實務能力之中高階管理人才。

惟因應少子化趨勢與招生環境變化，自97學年度起停止日間部二技招生，108學年度亦停止日間部四技招生，聚焦於進修部二專與二技學制之發展，強化在職學生之實務應用能力與職場競爭力。行銷與流通管理系則於民國96年自工商管理系改名而成，專注於行銷管理、零售服務與創意思維領域之專業教育，並於99學年度設立「行銷與流通管理碩士班」，積極招收具實務背景之學生，深化理論與實務整合，推動產學應用與高階行銷人才培育。為擴大資源整合與提升系所綜效，行銷與流通管理系於112學年度整併原「創新商品設計與創業管理系」，將其所屬之「創新設計與創業管理碩士班」納入統籌，建立跨領域創新整合平台。

綜觀時代的演進，未來的企業經營趨勢將聚焦於跨域合作、創新應用及環境社會永續發展等課題，單一的管理功能已無法應付未來多變的商業環境。企業管理系與行銷與流通管理系為因應內外環境的變化與未來的趨勢，擬透過兩系的整併進一步優質化教學品質與整合產學資源，並且為保留兩系原有之優勢，整併後的系名訂為「企業管理系」，涵蓋日間部四技、進修部二技及二專、行銷與流通管理碩士班及創新設計與創業管理碩士班完整學制。兩系整併動機在於啟發學生跨域學習、全方位思考與培養多元管理能力，以因應未來企業環境之挑戰。整併後可藉由高度相容之課程設計、優秀師資陣容與強化產學鏈結，提供學生更具競爭力之學習環境。此外，過去兩系曾於創業教學與競賽活動中進行合作，成效良好。整併後可進一步整合專業證照輔導與實習訓練資源，強化學生實務能力，並提升整體就業競爭力。

此外，過去兩系在創業教學競賽已共同合作，表現卓越，兩系整併可整合專業證照輔導、就業學程與實習計畫，拓展更大合作規模並提升學生就業競爭力。

113學年度為本校發展的重要轉型契機，正式獲得中國信託商業銀行挹注資源並更名為「中信科技大學」（CTBC University of Science and Technology）。中國信託於金融管理、智慧經營與企業策略領域具深厚實力，此次挹注不僅大幅強化校務資源與學術網絡，更為本系開啟與金融科技、策略管理與產業創新深度結合的發展契機，進一步提升實務導向教學與學生產業競爭力。此舉亦呼應少子化與高教挑戰下，整合教育資源與強化差異化辦學特色之必要性。在學校轉型與整併政策引導下，企業管理系於114學年度正式整併行銷與流通管理系及其下設置之兩個碩士班，統一命名為「企業管理系」，並恢復日間部四技招生，形塑涵蓋日四技、進修部與碩士班的完整學制體系。此次復招係基於三項有利條件：(1)學校品牌轉型成功，企業合作鏈結強化，提升招生吸引力；(2)課程設計與產業需求高度貼合，整併後資源集中可提升教學品質與學習成效；(3)中信金挹注下具備推動企業管理、數位行銷、創新創業等跨域管理教育之發展優勢，成為南部區域管理人才培育之重點學系。

企業管理系自五專設立、歷經技術學院升格、各學制調整及系所整併等發展階段，均配合技職政策演進與學校轉型策略滾動調整，形成目前涵蓋日四技、進修部與兩個碩士班的完整系所架構。各階段關鍵節點與整併歷程，詳如表1所示。整併後之企業管理系，延續原行銷與企管兩系於「行銷管理」、「創新創業」與「經營管理」領域之課程基礎，整合既有之「行銷與流通管理碩士班」與「創新設計與創業管理碩士班」資源，並以「服務業管理模組」與「行銷管理模組」為核心課程主軸，導入跨域學習、實務導向與創新應用教學，強化學生職場競爭力與產業即戰力，以全面對應南部產業轉型與全國中高階管理人才之實務需求。